Alates asutamisest 2000 aastal on Eesti Loodushoiu Keskus olnud keskendunud tegevustele, mis aitavad kaitsta Euroopa  ja  Eesti jaoks väärtuslikke vee-elupaiku (aquatic) ja –liike.

Loodushoiukeskusel oli võtmeroll  Natura 2000 alade võrgustiku kujundamisel Eesti sisevete  ja rannikumere ja neid asustavate väärtuslike liikide kaitseks enne Eesti astumist Euroopa Liitu.

Osalenud seadusandlikus tegevuses ja riiklike arengukavade koostamisel. Koostanud loodusalade kaitse korralduskavu ja ohustatud liikide kaitse tegevuskavu. Tähtsal kohal on olnud Loodusdirektiivi ja Vee raamdirektiivi põhimõtete koosrakendamine veekogude kaitsel.

Tegelnud Euroopa Liidu väärtuslike väärtuslike elupaikade (jõgede 3260, lamminiitude 6450, allikate 7220* ja 7160) kaitse ja taastamisega.

Inkubeerinud, kasvatanud ja taasasustanud kaitset vajavaid  (tõugjas) või hävinud (Atlandi tuur  Acipenser oxyrhinchus) liike. Rakendanud innovaatilisi ja originaalseid meetodeid liikide käitumisharjumuste uurimisel (biotelemeetria).

Teinud massiivset Natura 2000 väärtusi kajastavat tööd (rahvus- TV, Raadio, trükimeedia, interneti-meedia) vahendusel ja ürituste kaudu. Pidanud oluliseks laste ja noorte harimist ja nendele võimaluste loomist looduse tundmaõppimiseks ja loodusarmastuse tekkeks.

Tutvustanud ühingu poolt korraldatud projekte rahvuslikul ja rahvusvahelisel tasandil, jaganud kogemusi konverentsidel ja seminaridel.

Ellu on viidud kolm Euroopa Liidu LIFE programmi projekti - LIFE Happyfish, LIFE Happyriver ja LIFE Springday, mille eesmärkideks olid elupikade (jõgede ja allikate) kaitse  ja taastamine Natura 2000 aladel ning ohustatud kalaliikide seisundi parandamine. 

Pikaajaline pingutus Pärnu jõe alamjooksul asunud Sindi paisu eemaldamise nimel jõudis tulemuseni 2018. aastal, kui pais eemaldati ja üle 2000 km pikk jõestik paisust ülesvoolu avanes taas kaladele. Tegevuse esimesi tulemusi uuritakse töö "Pärnu jõestiku elupaikade taastamise tulemuslikkuse hindamine" käigus. Esimesed tulemused näitavad, et kalad liiguvad kiiresti ja kaugele ning võtavad uusi elupaiku edukalt omaks. 

Eesti on olnud jõgede taasavamise ja kalapääsude eemaldamise osas suhteliselt edukas. Tehtud tööde tulemusi uuritakse töö "Rajatud kalapääsude tulemuslikkuse hindamiine" käigus. 

2022. aasta septembris algas Läänemere tuura asurkonna taastamise projekt LIFE Baltic Sturgeon.

LIFE Happyriver lõpule viidud!

Laeva jõgi voolab Emajõkke nüüd mööda oma looduslikku sängi! Lõpule jõudsid alamjooksu taastamise tööd, mille käigus taastati kaks kanaliga ära lõigatud jõelõiku jõe alamjooksul kokku üle 8 km ulatuses.

LIFE Springday edukalt teostatud!

Eesti nõrglubjaallikate kaitse ja seisundi parandamisega tegelenud projekt on lõppenud. Saaremaal Viidumäel, Vormsi saarel Prästvike järve ümbruses ja Järvamaal Kiigumõisas taastasime põhjaveest sõltuvaid elupaiku, hooldasime Prästvike järve ja rajasime kaks populaarset matkarada.

Happyriver taastab Laeva jõe alamjooksu

LIFE Happyriver projekt on jõudnud konkreetsete tegevusteni. Alanud on Laeva jõe alamjooksu loodusliku sängi puhastamise ja taasavamise tööd.

Happyfish parimate LIFE Nature projektide seas!

Saabus rõõmustav uudis- Happyfish projekt on saanud suure tunnustuse osaliseks. Euroopa Liidu LIFE Nature projektide seast on Happyfish valitud  2013. a. nelja parimatest parima projekti hulka! Projekti meeskond tänab kõiki projekti elluviimisele kaasaaiatajaid ja asjaosalisi!